Ο Πελέ λίγο μετά την εφιαλτική παρουσία της Βραζιλίας στο Παγκόσμιο Κύπελλο της Αγγλίας (αποκλεισμός από τη φάση των ομίλων με τον ίδιο να δέχεται βίαια μαρκαρίσματα) παντρεύτηκε με τον Ροζμαρί Ντος Ρέις Τσόλμπι με την οποία απέκτησε τρία παιδιά. Την Κέλι Κριστίνα, τον Έντσον και την Τζένιφερ για να χωρίσουν το 1982.
Το 1994 ο Πελέ ντύθηκε γαμπρός για δεύτερη φορά καθώς παντρεύτηκε την Ασίρια Λέμος Σέισας με το ζευγάρι να αποκτά δίδυμα (Τζόσουα και Σελέστε) το 1996 πριν χωρίσουν το 2008.
Το 2016 ο Πελέ παντρεύτηκε για τρίτη φορά με την Μάρσια Αόκι, με την οποία δεν έχει κάνει παιδιά, ωστόσο πέραν των πέντε τέκνων από τους δύο πρώτους του γάμους, ο Βραζιλιάνος είναι πατέρας δύο ακόμη παιδιών. Της Σάντρα Μασάδο και της Φλάβια Κουρτζ που γεννήθηκαν τη δεκαετία του ’60 από παράνομες σχέσεις του.
Ο γιος του από τον πρώτο του γάμο Έντσον Τσόλμπι Ντο Νασιμέντο ή απλά Εντίνιο ήταν και ο μεγάλος του καημός. Όχι γιατί στην ποδοσφαιρική του καριέρα αποφάσισε να παίξει ως τερματοφύλακας (έφτασε με την Σάντος στον τελικό του 1995), αλλά γιατί στα τέλη της δεκαετίας του ‘90 βρέθηκε κατηγορούμενος για ξέπλυμα χρήματος και διακίνηση ναρκωτικών αλλά για δολοφονία. Από την τελευταία κατηγορία γλίτωσε, όχι όμως από τις άλλες δύο. Αρχικά είχε τιμωρηθεί με 33 χρόνια φυλάκιση, αλλά μετά από πολυετείς αναβολές στη δίκη σε δεύτερο βαθμό η ποινή του έπεσε στα 12 χρόνια με τον ίδιο να ισχυρίζεται ότι ήταν χρήστης και όχι έμπορος ναρκωτικών. Τελικά έμεινε στη φυλακή για μία εβδομάδα καθώς το δικαστήριο έκρινε ότι πρέπει να απελευθερωθεί για να απεξαρτηθεί.
Ο Πελέ στάθηκε από την πρώτη στιγμή στο πλευρό του δηλώνοντας 100% σίγουρος για την αθωότητα του...
